La nouvelle, qui se déroule au Japon du début du XXe siècle, suit la vie de Fukuichi, le fils adoptif d'un propriétaire de magasin de poissons rouges. L'histoire commence avec Fukuichi réfléchissant à sa vie et à son obsession pour Masako. Lorsqu'elle était enfant, Maitaichi taquinait et tourmentait souvent Masako, la poussant jusqu'aux larmes. Finalement, Masako riposte et jette une poignée de pétales au visage de Fukuichi. Après le combat, Mataichi change d'attitude envers Masako et tombe amoureux d'elle. Après avoir obtenu son diplôme d'études secondaires, Mataichi devient étudiant chercheur dans une station de pêche de la région du Kansai, en mettant l'accent sur les poissons domestiques. Lorsque Mataichi quitte Tokyo, il ressent des sentiments contradictoires d'amour et de ressentiment envers Masako. Mataichi s'implique avec Yoshie, la fille d'une famille de pêcheurs. Il affiche sa relation avec Yoshie dans ses lettres à Masako et compare les deux femmes. Lorsque Masako répond enfin à ses lettres, elle avoue qu'elle est enceinte et qu'elle sera bientôt fiancée. Fukuichi est dévasté par la nouvelle. Après avoir terminé son étude sur le terrain, Fukuichi concentre toute son énergie sur la création du poisson rouge parfait pour imiter la beauté de Masako. Il consacre plus d'une décennie à tenter de produire un poisson rouge d'une beauté inégalée. Finalement, découragé par ses échecs, Fukuichi s'aventure vers l'étang où il garde ses poissons rouges indésirables et abattus. L'histoire se termine avec la découverte par Fukuichi du poisson rouge ultime dans l'étang boueux.